Segunda Oportunidad es la segunda misión de Crysis 2. En esta misión el jugador maneja a Alcatraz por primera vez con el Nanotraje 2.0, aquí el jugador aprenderá como utilizar los módulos del Nanotraje y se enfrentara a numerosos soldados de CELL.
Alcatraz se despierta dentro de una habitación , llevando el Nanosuit 2 , y encuentra al hombre que le salvó muerto . A continuación, procede a tomar la pistola del hombre, pero de repente tiene un flashback en el que ve al hombre, Prophet, que le dice que está contaminado con el virus extraterrestre, que ya no puede seguir y por ello le encomienda a Alcatraz llegar con Nathan Gould finalmente él le dice a Alcatraz que debe romper la simbiosis con el traje con el fin de darle el control a Alcatraz, y procede a pegarse un tiro en la cabeza. Luego que terminara el recuerdo, Alcatraz se dirige a la salida, donde se entera de algunas de las capacidades del Nanotraje, como salto potente y alta velocidad. Cuando él sale de la casa el Nanosuit activa un nuevo modo - El Visor táctico. Consigue algo de munición para la pistola y se enfrenta a dos soldados de CELL consiguiendo un Rifle SCARAB. Se enfrenta a varios miembros más en su camino y recibe mensajes de un científico llamado Nathan Gould, que confunde a Alcatraz con Prophet, el hombre que antes usaba el nanotraje. Gould instruye a Alcatraz sobre dónde encontrarlo. Alcatraz se abre camino alrededor de la zona donde el Nanosuit activa otro modo el de camuflaje. y lo utiliza para entrar a un punto de control de CELL fuertemente custodiado, Alcatraz pasa a través y se encuentra con la ahora devastada Manhattan. Luego en su camino por Manhattan, él lucha contra múltiples tropas de CELL y los mata a todos. Luego se abastece con Granadas de Fragmentación en la azotea de un local de café y acaba a las unidades de CELL cercanas. Después de limpiar el área, entra en el metro y se le indica que use la Nanovisión para poder moverse fácilmente en el lugar oscuro, aquí abajo se encuentra con varios alienígenas insectos y se apresura en salir. Después de salir desde el metro, el nivel termina.
Nada mas empezar el nivel y avanzar una habitación se encuentran 2 soldados CELL muertos, se alcanza a escuchar que el intercomunicador recibe una transmisión proveniente de algún soldado CELL, el cual informa que se han encontrado cadáveres recientes en la playa y que puede haber alguien vivo, informa que los cadáveres son de marines con insignias de la fuerza de reconocimiento y que en caso de que alguno este vivo deben de recogerlo y darle atención medica e interrogarlos. En ese momento CELL descubre el intento de intervención del ejercito en Nueva York, dichos marines son los que venían en el submarino USS Nautilus , en el que viajaba Alcatraz y su escuadrón.
En el inicio del nivel, al llegar a una habitación donde hay contenedores con montones de civiles muertos por el virus Manhattan y un cuerpo que parecía que estaba siendo examinado quirurjicamente. Hay una computadora que puede ser activada por el jugador, al activarse se escuchara una transmisión de la Doctora Akhila Roy que habla sobre la situación en la que se encuentra, investigando el virus manhattan que afecta a la población de Nueva York que esta provocando miles y miles de muertes de civiles. El dialogo lo puedes ver aquí .
Cuando llegas al castillo puedes escuchar una conversación de soldados CELL sobre la postura de Lockhart acerca de Prophet.
Después de salir del metro y subir a una casa, donde hay un civil infectado acostado en un sofa, en esa habitación puedes encontrar a un civil infectando hablando enfrente de una puerta acerca del virus manhattan. El tipo dice (En Crysis 2 con su doblaje Español):
"Terroristas tío, tiene que ser eso, alguna mierda de la jungla africana, ebola o algo así, lo han esparcido desde un avión, mírame tío ¡mírame!"
